Pour éliminer le VIH de l’organisme, il faudrait au minimum forcer les cellules T infectées et quiescentes à produire des protéines virales. Cela entraînerait la destruction de ces cellules, qui seraient attaquées par des médicaments bloquant la propagation du virus d’une cellule à l’autre. De nouvelles données suggèrent qu'une intensification du contrôle de la réplication virale, obtenue en frappant de nouvelles cibles cellulaires ou du VIH, serait également utile. Les nouvelles cibles thérapeutiques des médicaments sont : le facteur d’infectivité virale (VIF) ; facteur de croissance lenticulaire dérivé de l'épithélium (LEDGF); le complexe ADN et protéine qui constitue les chromosomes (chromatine) et la protéine virale U (VPU). Les médicaments disponibles sur le marché ciblent la protéine de l'enveloppe virale et le récepteur CCR5 des cellules T, pour bloquer l'entrée du virus dans les cellules, et inhiber certaines enzymes du VIH : la transcriptase inverse ; l'intégrase et la protéase, pour arrêter respectivement la transcription du génome du VIH, son insertion dans l'ADN cellulaire et la maturation des protéines du VIH.
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